כנסיית המסדר הטבטוני (Deutschordenskirche) נחשבת למטה אגודת האבירים הטבטוניים בוינה. אגודה זו היא אגודה גרמנית שנוסדה בארץ ישראל בסוף המאה ה- 12. המסדר הגיע לוינה מאוחר יותר וכנסית המסדר הטבטוני נבנתה במאה ה- 14. על קירות כנסיית המסדר הטבטוני ניתן לראות את מגיניהם של אבירי המסדר, שחלקם גם קבורים במקום.
המזבח המרשים של כנסיית המסדר הטבטוני עוצב במאה ה- 16 ע"י האמן אשר עיצב את המזבח המפואר של קתדרלת סן סטפן. המזבח מעוטר בתחריטי עץ מוזהבים.
בקומה השניה של כנסיית המסדר הטבטוני מוצג אוסף של כלי נשק, חותמות, מטבעות, תמונות מימי הביניים, אבני חן יקרות וגם ה- Viper Tongue Credenza ששימש למציאת רעל במזונם של אבירי המסדר.
בכנסיית המסדר הטבטוני התגוררו, גם אם לתקופה קצרה, מוצרט וברהמס והיום נערכים במקום קונצרטים של מוזיקה קלאסית.