בבניין הסוכנות הלאומית לאנרגיה אטומית (International Atomic Energy Agency) נמצא מטהו של הארגון. בסוכנות הבינלאומית לאנרגיה אטומית חברות מעל 150 מדינות אשר נציגים מטעמן מתכנסים מדי שנה לבחירת צוות עבודה מצומצם הכולל 35 חברים.
הארגון מורכב ממועצת מנהלים, אסיפה כללית ומזכירות. מטרת הקמתה של הסוכנות היה פיקוח על השימוש באנרגיה אטומית וניתובה לצרכים אזרחיים ולא צבאיים. הסוכנות מוגדרת כסוכנות מיוחדת של האו"ם אך לא נחשבת כחלק ממנו. הסוכנות הבינלאומית לאנרגיה אטומית חוגגת בימים אלה 60 שנה להיווסדה.