כנסיית הקפוצ'ין (Capuchin Church) היא כנסייה צנועה שנמצאת בנוייר מרקט או כיכר השוק החדש שבליבה של וינה, ממש בסמוך לארמון הופבורג. סנסיית הקפוצ'ין ידועה גם בשמה השני: כנסיית מרי הקדושה של המלאכים.
כנסיית הקפוצ'ינים משוייכת למסדר הקפוצ'ינים, מסדר קתולי אשר מוצאו מהמסדר הפרנציסקני. מסדר הקפוצ'ינים משך אליו בני מלוכה ואצולה מכל רחבי העולם, מה שמסביר את קבורתם של רבים מבני שושלת הבסבורג דווקא בכנסייה הזו.
כנסיית הקפוצ'ינים נבנתה בעקבות צוואתה ואף השקעתה של הקיסרית הראשונה שנקברה בה: אנה, שהיתה אשתו של הקיסר הרומי הקדוש מתיאס ההבסבורגי. הם אלה שביקשו להיקבר דווקא במקום זה ובכך החלו את מסורת קבורתם של רבים מבני השושלת דווקא שם ולהקמתה של הקריפטה הקיסרית. המזבח הנוכחי של הכנסייה הוקם ב- 1918. הוא נחשב, למרות יופיו והציור היפהפה שעליו, למזבח צנוע יחסית כמו הכנסייה כולה.